西元2176年,距离地球二十光年远的海蛇座β星发生超新星爆炸, 产生的电磁风暴对地球造成重大的伤害,残餘的人们团结起来重建地球, 但也观测到180年后会有第二波的衝击,便合作拟定应付对策。 后来在太阳系各处设置了称为「Fundation」的宇宙基地训练大批宇宙飞行员, 而主角年仅15岁的少女片瀨志麻便是为了成为宇宙飞行员而来到了名为「stellvia(註)」的Fundation……